徐风收到了海博大学的入学通知书，这所大学曾是他爸爸、妈妈的母校，也是他梦想的名牌大学。在海博大学的一间实验室里，徐风和青梅竹马的伙伴邱雨见到了古教授，至此徐风和邱雨才得知，徐风父母的失踪以及他们神奇地开启了异度空间的过程。为了解救自己的父母，阻止时空崩塌，徐风他们开始了寻找晶石和陀螺战士的艰难历程，他们开动脑筋、消除误会、争分夺秒，不断战胜幽龙长老派来的“魔行者”，最终，在异度空间正义长老莫能长老和古教授的帮助下，徐风、邱雨、董雷、伊电曈、耿焱5位陀螺战士终于找到所有晶石，通过古教授制作的时空转换器，来到深层异度空间并奇迹般完成了“空间归宿”终极陀螺招术，与异度空间魔派的长老幽龙展开终极对决，最后战胜幽龙，解救了徐风的父母，阻止了时空的崩塌，世界的毁灭。也使魔行者魔心变回了心，通过晶石的力量把异度空间回到了原来的样子。

正篇讲述关系很亲密的5个人组成的小组织“Little Busters”的成员——少年直枝理树和领袖人物枣恭介为了享受最后的高中生活而组建了一支棒球队“Little Busters”，然后棒球队的成员们遇到了各种各样的烦恼的故事，本作作为特典动画剧情分别由佳奈多、佐佐美、沙耶这三名女性角色，主要会围绕她们各自的故事展开。